IIAA

Visió general

IIAA (de l’anglès, Iterative Internet Autonomous Agent), és una eina que hem desenvolupat per ajudar-nos a buscar a les enormes i creixents bases de dades d’articles d’investigació per descobrir nous marcadors de tumors per incloure en futures versions dels nostres tests.

Actualment, IIAA funciona en un clúster de servidors en el núvol i compila en mode 24/7 (24 hores al dia i 7 dies a la setmana) una llista de proteïnes (amb més de 1.000 ja indexades) que es creuen expressades diferencialment en diversos tipus de càncer en humans. A hores d’ara, estem utilitzant només la base de dades PubMed ―del National Center for Biotechnology Information (NCBI)―, però en el mitjà termini inclourem també la base de dades EMBASE, així com recerques en el que es coneix com a “literatura grisa” ―milions de documents que no es difonen pels canals ordinaris de publicació comercial, i que per tant plantegen problemes d’accés―. Aquestes proteïnes, de les que només algunes d’elles han estat detectades en el plasma sanguini fins a la data, representen una població de marcadors tumorals plasmàtics candidats a poder ser útils en la detecció primerenca del càncer en el futur.

Per a cadascuna de les proteïnes identificades anteriorment, es realitza una recerca iterada de segon nivell usant el nom de proteïna juntament amb el nom de diferents tipus de càncer (tal com “pàncrees” o “càncer de pàncrees” per càncer de pàncrees). Amb això busquem prioritzar aquests marcadors per a la seva validació futura per la freqüència de les cites bibliogràfiques, tant totals com en funció del temps.

Els candidats inclouen proteïnes implicades en la “oncogènesi”, “angiogènesi”, “desenvolupament”, “diferenciació”, “proliferació”, “apoptosi”, “hematopoesi”, “respostes immunes i hormonals”, “senyalització cel·lular”, “hidròlisi” , “localització cel·lular”, “cicle cel·lular i estructura”, “resposta en fase aguda” i “control hormonal”.

Moltes d’elles han estat detectades en estudis de teixits o components nuclears; però, nosaltres ens alineem amb la hipòtesi que la majoria ―si no totes―, han d’estar presents en el plasma encara que sigui en petites proporcions. A més, ens hem trobat que, de totes les proteïnes candidates, només un petit grup ha estat aprovat com a “antígens associats a tumors” per la US Food and Drug Administration (FDA) ―una cosa a tenir en compte per accelerar la comercialització dels nostres futurs tests MBDAA als Estats Units―.

Gràcies als resultats obtinguts, creiem que aquesta validació a gran escala de marcadors tumorals candidats cobrirà la bretxa existent entre la investigació bàsica i l’ús clínic de diagnòstics avançats, el que ens permetrà crear altres tests MBDAA en menys temps que els tests ja desenvolupats i certificats, com els tests OncoBREAST Dx, OncoLUNG Dx, OncoOVARIAN Dx, OncoPROSTATE Dx y OncoCUP Dx.